1872年加拿大籍馬偕(George Leslie Mackay)宣教士從淡水登陸，將基督福音帶進北台灣。淡江教會很榮幸能在北台灣福音發源地，與眾教會一同宣揚十架救恩、建立合神心意的教會、承接宣教復興的棒子。
2001年9月底，淡江教會設立於淡水老街(中正路57號2樓)，從零開始拓荒。教會由黃國倫、松慕強、莊育銘等傳道人帶領，至2005年9月(4週年)因人數增長搬遷至鄰近淡水捷運站現址(學府路36號–鄞山寺文化大樓)。2010年9月(9週年)由莊育銘接任黃國倫擔任主任牧師，帶領教會繼續投入社區事工、福音節慶、門徒建造。2012年12月(11週年)教會於淡海新市鎮購地，2016年興建新教堂，永續參與神在淡水這個福音宣教城市的復興計畫。
目前教會聚會人數約1000人，發展五重職事訓練，注重在真道上的合一與門徒的多元適性發展。由淡江教會差派出去的植堂團隊，已在台灣北中南各地建立了教會，倚靠神以諸般的智慧領人歸向主。
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